Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) yang pada mulanya disebut Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA), berdiri pada hari Rabu tanggal 7 September 1955 (20 Muharam 1375) bersamaan dengan Fakultas Kedokteran di Bukittinggi. Pendiriannnya didasarkan atas Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 41007/Kab. tertanggal 14 Juli 1955.

Kemudian Universitas Andalas (UNAND) diresmikan berdiri pada hari Kamis tanggal 13 September 1956 (8 Sjafar 1376) di Bukittinggi. Pada waktu peresmian UNAND, FIPIA belum memiliki Jurusan Biologi dan baru memiliki dua jurusan yaitu Ilmu Pasti dan Geologi. Pergolakan daerah yang populer dengan nama PRRI-PERMESTA telah menghentikan hampir semua aktivitas di UNAND, bahkan FIPIA terpaksa ditutup. Pada tahun 1959 kegiatan UNAND secara bertahap diaktifkan kembali tetapi bukan di Bukittinggi melainkan di Padang yang terdiri dari Fakultas Pertanian,F akultas Kedokteran, PTPG/FKIP. Fakultas Hukum dan Pengetahuan Masyarakat, serta Fakultas Ekonomi.

FIPIA sampai tahun 1961 belum dapat memulai kegiatannya sebab ketiadaan dosen dan mahasiswa. Untuk mengaktifkan kembali atau merehabilitasi FIPIA terpaksa dicarikan usaha lain yaitu dengan membuka Jurusan Biologi sebagai salah satu komponen yang memungkinkan pada waktu itu.Berdirinya Jurusan Biologi pada tahun 1962 hanya bermodalkan keikhlasan hati salah seorang dosen Fakultas Kedokteran UNAND yaitu Drs. Wildan Yatim Lubis yang memberanikan diri tampil untuk mengkoordinirnya. Beliau adalah seorang alumnus Bagian Biologi, Institut Teknologi Bandung (ITB). Pada tahun 1964 beliau pindah tugas ke Fakultas Kedokteran Universitas Pajajaran Bandung.Lahirnya Jurusan Biologi dalam rangka merehabilitasi FIPIA dalam kondisi yang sangat memprihatinkan.

Kelahirannya tanpa seorangpun dosen tetap, tanpa gedung perkantoran dan perkuliahan maupun laboratorium. Selang tahun 1962-1963 kegiatan administrasi perkantoran dilakukan pada salah satu ruangan Sekretariat UNAND di perempatan Jalan Pondok. Pada tahun 1970-an barulah Jurusan Biologi menampakan diri bersama Jurusan Farmasi dan Kimia sebagi lembaga pendidikan tinggi yang relatif bergengsi seiring dengan penambahan ruang kuliah, laboratorium, perpustakaan dan fasilitas pendidikan lainnya yang bertempat di Kampus Air Tawar. Pada tahun 1981 Jurusan Biologi pindah ke Kampus Ulu Gadut. Pada tahun 1982 Fakultas Ilmu Pasti Ilmu Alam (FIPIA) berganti nama menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam yang disingkat dengan FMIPA.

Jurusan Biologi secara perlahan menambah jumlah staf akademik dari alumninya yang berprestasi. Sejalan dengan ini juga dilakukan pengiriman staf pengajar untuk melanjutkan studi S2 dan atau S3 di dalam dan luar Negeri. Kerjasama dengan pihak dalam negeri (PEMDA) dan luar negeri mampu memperluas dan meningkatkan sumber daya staf Jurusan Biologi. Pada tahun 1974 telah dijalin kerjasama penelitian tentang tentang Primat dan Mamalogi dengan peneliti Jepang. Selanjutnya pada tahun 1981 dilanjutkan kerjasama penelitian tentang Hutan Hujan Tropik Sumatera antara kelompok peneliti Universtas Andalas (sebahagian besar dari Jurusan Biologi) dengan peneliti dari pihak Jepang di bawah payung organisasi Sumatra Nature Study (SNS) atau Pusat Kajian Alam Sumatera yang selanjutnya dirubah namanya menjadi Sumatra Nature Study Center (SNSC). Kegiatan ini memberikan kesan yang mendalam bagi staf pengajar tentang teknik penilitian lapangan (Field Biology) tumbuhan dan hewan tropika khususnya taksonomi dan ekologi.

Kemudian program ini dilanjutkan dengan proyek kerjasama berikutnya dengan nama Field Biology Research and Training (FBRT). Dari kedua program ini memberikan kontribusi yang berarti dalam pengembangan sumber daya manusia, yaitu menghasilkan beberapa doktor dan penambhahan peralatan laboratorium. Pada saat ini masih terjalin kerjasama yang baik antara jurusan biologi dengan pihak Jepang. Kegiatan Jurusan Biologi di Kampus Ulu Gadut hanya sampai tahun 1991. Selanjutnya, pada tahun 1992 Kampus Biologi FMIPA Unand dipindahkan dari Ulu Gadut ke Kampus baru Limau Manis yang mempunyai fasilitas fisik yang lengkap termasuk laboratorium, sehingga masing-masing bidang kajian memiliki ruangan yang cukup untuk mengembangkan diri masing-masing. Kampus Jurusan Biologi Fakultas MIPA terletak di Kampus Universitas Andalas Limau Manis, Padang, di atas tanah seluas 3,2 Ha dengan luas bangunan 3.081,57 m² (termasuk kantor administrasi, laboratorium dan rumah kaca).

Pada tahun 1996, Program Studi S2 dibuka dengan pemusatan Ekologi. Pada tahun 1998 Jurusan Biologi mendapatkan Akreditasi A yang merupakan prestasi tersendiri bagi Jurusan Biologi FMIPA Unand. Pada tahun 1998 ini juga Jurusan Biologi mendapat grant Due-like untuk memperbaiki mutu kurikulum, staf pengajar, proses belajar mengajar dan suasana akademik. Sejalan dengan berkembangnya kurikulum baru. Pada tahun 2002, Jurusan Biologi menerapkan Kurikulum Berbasis Kompetensi.

Pada tahun ini juga telah dibuka program Non Reguler.Pada tahun 2003 berkat kerja keras sivitas akademika Jurusan Biologi, FMIPA Unand berhasil memenangkan grant TPSDP Batch III untuk pengembangan program studi sesuai dengan paradigma baru dan Kerangka Pengembangan Perguruan Tinggi Jangka Panjang. Selanjutnya pada tahun ini, sebagai lanjutan program 2002, Jurusan Biologi bersama dengan jurusan lainnya di bawah Universitas Andalas mendapat HIBAH Konservasi Tumbuhan Sumatera dari Presiden RI. Tujuan dari program tersebut adalah membentuk Kebun Raya Universitas Andalas dan Pusat Pengkajian dan Pemanfaatan Tumbuhan Tropika, sebagai pengembangan dari Hutan Pendidikan dan Penelitian Biologi (HPPB) dan Arboretum.

Pada tahun 2004, Rektor telah membentuk struktur organisasi Kebun Raya Universitas Andalas yang terdiri dari unit HPPB, Arboretum dan Kebun Tanaman Obat. Unit yang terkait langsung dengan Jurusan Biologi adalah unit HPPB dan Arboretum. Pada tahun ini, beberapa peneliti Jepang yang pernah terlibat pada program kerjasama SNS dan FBRT memprakarsai kerjasama baru antara Universitas Andalas dengan Kagoshima University Jepang. Bentuk kerjasama yang tertuang dalam “Memorandum of Understanding” antara lain: pertukaran mahasiswa, pertukaran peneliti dan kerjasama riset.